Retrospective analysis of Plasmodium vivax genomes from a pre-elimination China inland population ｉｎ the 2010s

  中国已被世卫组织认证为无疟疾国家，然而输入性病例仍然对我国造成威胁，另外我国与传播率较高的东南亚邻国的相互联系也增加了疟疾重新引入的风险。建立一个能够快速溯源的基因数据库对于应对该挑战至关重要。本研究通过对中国内陆的10个间日疟分离株的全基因组序列分析，展示了疟疾消除前期的种群特征。文章涉及样本是在2011年至2012年最后几次暴发中收集的。我们完成了群体遗传分析，探索了样本的地理特异性，并检查了选择压力的聚类情况。与周边地区相比，中国的内陆种群是高度结构化的，只有一个潜在的祖先枝。此外，我们确定了选择压力较大的基因并评估了抗药基因的选择压力。在内陆种群中，一些重要基因家族中发现了正向选择，如入侵、免疫逃避和环境适应等。同时，我们确定了重要耐药基因的选择特征，如ugt、krs1和crt，并注意到在禁用磺胺嘧啶（SP）几十年后，野生型dhps和dhfr-ts的比例有所增加。我们的数据证明，消除前期的种群在入侵和免疫逃避基因上表现出的选择压力低于邻近地区，但在低传播环境下耐药性增加。内陆种群的多样性聚类性较强，感染者之间的关联性很低，这表明在低流行环境下，超级感染或共同传播事件很少。耐药基因的选择特征随着特定药物的禁止而波动，这与当地药物治疗策略的改变是一致的。我们希望这些发现可以为未来的类似研究提供数据基础，以评估其他消除疟疾国家的种群变化。

  本文的第一作者是中国疾控中心寄生虫病所、河南疾控中心刘颖副主任医师，通讯作者为中国疾控中心寄生虫病所陈军虎研究员和沈海默高级工程师。该文发表于Front Microbiol. 2023, 14: 1071689。

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