毕氏肠微孢子虫多位点序列分型及群体遗传结构和亚群结构评估

毕氏肠微孢子虫是一种人兽共患新发肠道原虫，可感染人和多种动物，以腹泻为主要临床表现，被美国国立过敏与传染病研究所定为B类优先病原体，其基因型复杂，约500个ITS基因型。近年来，随着基因信息的发展及多位点序列分型（MLST）工具的建立，已逐渐应用于毕氏肠微孢子虫的群体遗传结构，以及亚群结构的分析；为进一步开展毕氏肠微孢子虫传染源追踪和传播动力研究，以及毕氏肠微孢子虫病防控提供重要参考。

为了解我国毕氏肠微孢子虫在小卫星/微卫星位点的变异以及其群体遗传结构和亚群结构，本研究对东北部地区15个哺乳类和5个鸟类动物种体内分离到的305个毕氏肠微孢子虫分离株进行ITS基因分型，鉴定到28个ITS基因型，并进行MLST分析。4个微卫星/小卫星位点（MS1、MS3、MS4和MS7）的PCR扩增率分别为50.16%（153/305）、42.95%（131/305）、43.61%（133/305）和41.97%（128/305），鉴定到44、17、26和24种基因型。其中，90个DNA样本在5个位点（包括ITS）成功扩增和测序，获得48个多位点基因型（MLGs）。基于等位基因型、长度多态性和单核苷酸多态性分析，显示毕氏肠微孢子虫群体存在连锁不平衡和有限的基因重组，表明该地区毕氏肠微孢子虫群体结构为克隆性。研究结果将有助于毕氏肠微孢子虫传染源的纵向追踪和其传播动力学的研究，以及为干预和防止毕氏肠微孢子虫病在动物中的发生及由动物向人的传播提供有价值的数据。种系发育分析表明，毕氏肠微孢子虫群体存在一定程度的宿主隔离，且具有人兽共患可能性的ITS基因型和具有宿主适应性的ITS基因型的MLGs基本可区分开。结合Network分析，毕氏肠微孢子虫存在由人兽共患基因型向宿主适应性基因型进化的可能性；其亚群结构分析，将有助于进一步开展毕氏肠微孢子虫的人兽共患性、种间传播和种群进化研究。

该文第一作者为哈尔滨医科大学硕士研究生刘晓华和武彦辰，通讯作者为哈尔滨医科大学刘爱芹教授和中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所沈玉娟研究员。该文于2020年6月26日发表在《Frontiers in Microbiology》上。

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