Genomic epidemiology of antimalarial drug resistance in Plasmodium falciparum in Southern China

中国疾病预防控制中心寄生虫病所黄芳PI团队近期在《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》发表了题为“Genomic epidemiology of antimalarial drug resistance in Plasmodium falciparum in Southern China, China”的专著文章。近年来，东南亚新出现的青蒿素耐药性对疟疾控制和根除目标构成重大风险，包括中国消除疟疾行动计划，即2020年在全国范围内消灭疟疾。恶性疟原虫在我国主要流行于南部省份，已有研究发现我国南方地区恶性疟原虫对青蒿素的敏感性降低，青蒿素治疗后原虫体内清除时间延迟。为进一步了解青蒿素抗性的遗传特征，进而确定与该表型相关的特定基因位点对于疟疾监测和遏制抗药性扩散具有重要意义。本研究从云南和海南的疟疾临床病人中采集滤纸血样，利用恶性疟原虫特异性单核苷酸多态性（SNP）芯片对所有样本进行基因分型，其中包括27个已验证和候选的恶性疟原虫的耐药分子标记。利用EIGENSOFT程序对恶性疟原虫种群结构进行主成分分析，并用混合法计算子结构分析的最大似然估计。我国南方地区恶性疟原虫pfdhfr和pfdhps的抗性突变单倍型的较高，而pfcrt突变率呈现中等水平。pfmdr1基因未发现突变。恶性疟原虫的染色体10、13和14上与疟原虫清除延迟相关的候选单核苷酸多态性表明突变的发生率较低。主成分分析发现，来自中国南方的恶性疟原虫与来自东南亚的虫株遗传距离较远，而云南与海南虫株分别属于不同亚群。该研究为中国南方恶性疟原虫的耐药性基因组群体提供了证据，也说明了SNP芯片技术在疟疾分子流行病学中的适用性。