Rapid detection of mutations in the suspected piperaquine resistance gene E415G-exo in Plasmodium falciparum exonuclease via AS‒PCR and RAA with CRISPR/Cas12a

  疟疾仍然是一个主要的公共卫生问题。抗疟药物耐药性的快速传播是疟疾根除面临的一个主要挑战。基于实用的检测方法，及时准确的分子监测，是控制和消除疟疾的关键一步。在这项研究中，建立了两种快速检测技术：等位基因特异性PCR（AS-PCR）和重组酶辅助扩增（RAA）结合CRISPR/Cas12a，对它们进行了优化和评估，以检测疑似哌喹耐药性相关的恶性疟原虫裂解酶（Pfexo）基因中的单核苷酸多态性。此外，将硫代磷酸酯和人工错配引入AS-PCR的等位基因特异性引物；而在RAA-CRISPR/Cas12a检测中引入了crRNA错配碱基，因为根据传统规则设计的crRNA无法区分基因型。结果表明，AS-PCR和RAA-CRISPR/Cas12a的检测限分别为每微升104拷贝和103拷贝。干血斑的检测阈值为每微升100-150个原虫，且对其他基因型无交叉反应。AS-PCR的平均成本大约为每次测试1美元，耗时2-3小时；而RAA-CRISPR/Cas12a系统的平均成本大约为每次测试7美元，耗时1小时或更短。因此，考虑到经济条件以及仪器、设备和试剂的可及性等，我们提供了更多的选项来检测Pfexo基因中的单核苷酸多态性，这可以有助于抗疟药物耐药性的分子监测。

  本研究受国家卫健委寄生虫病原与媒介生物学重点实验室开放课题资助（NHCKFKT2023-04）等项目资助，于2024年10月发表于International Journal for Parasitology: Drugs and Drug Resistance。

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